* নাজেরা বিভাগঃ
এ বিভাগে বিশুদ্ধভাবে কুরআনে কারীম তেলাওয়াত শিক্ষা দেওয়ার পাশাপাশি প্রয়োজনীয় মাসায়েল, মাসনুন দু’আ এবং আদব-আখলাক ও পরিস্কার পরিচ্ছন্নতার তা’লীম দেওয়া হয়।
* আদর্শ নূরানী বিভাগঃ
সহীহ শুদ্ধভাবে কুরআন শরীফ তেলাওয়াত, আকাযেদ, মাসায়েল ও দু’আ শিক্ষা দেওয়ার সাথে সাথে ঝকঝকে হাতের লেখার প্রশিক্ষণসহ তৃতীয় শ্রেণি পর্যন্ত যুগোপযোগী আরবী, বাংলা, ইংরেজী এবং ধর্মীয় ও সাধারণ শিক্ষার পাঠ দেওয়া হয়।
* তাহফীযুল কুরআন বিভাগ :
তাজবীদ ভিত্তিক সুন্দর তেলাওয়াতসহ পূর্ণ কুরআন শরীফ বিশুদ্ধভাবে মুখস্ত করানো হয়।
* জামা’আত বিভাগ :
ঐতিহ্যবাহী দারুল উলুম দেওবন্দের শিক্ষা পদ্ধতির আলোকে গওহরডাঙ্গা কওমী মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ডের অধীনে এবতেদায়ী থেকে তাকমীল (দাওরায়ে হাদীস) পর্যন্ত আরবী, ফারসী, উর্দু এবং বাংলা ও ইংরেজী ভাষাসহ উলুমে দ্বীনিয়ার সকল ফন (বিষয়) শিক্ষা দেওয়া হয়।
ইসলাহ ও তরবিয়াত:
প্রতি বৃহস্পতিবার মুদীরে জামেয়ার তত্ত্বাবধানে বিশেষ তরবিয়তী মজলিস অনুষ্ঠিত হয়।
লাইব্রেরী:
এ বিভাগের মাধ্যমে ছাত্রদের মাঝে তাফসীর, হাদীস, ফিকাহ্সহ পাঠ্যপুস্তক এর মূল কিতাব সরবরাহ করা হয়ে থাকে।
পাঠাগার বিভাগ:
এ বিভাগের মাধ্যমে ছাত্ররা হাদীস, তাফসীর, ফিকাহ্সহ বিভিন্ন ধরণের ধর্মীয় বই-পুস্তক, মাসিক ও সাপ্তাহিক ইসলামী পত্রিকা পড়া ও বাংলা সাহ্যিত চর্চার সুযোগ পেয়ে থাকে।
প্রকাশনা বিভাগ:
সর্বস্তরের মানুষের দ্বীনি উপকারের দিক বিবেচনা করে প্রতি বছর বিভিন্ন বিষয়ে বস্তুনিষ্ঠ লেখার সমন্বয়ে “আল খাদিম” নামে একটি দ্বীনি পত্রিকা প্রকাশ করা হয়।
প্রশিক্ষণ ব্যবস্থা:
(ক) খাদেমুল ইসলাম নূরানী বোর্ডের অধীনে প্রতি বছর শা’বান রমজান মাসে মুয়াল্লিম প্রশিক্ষণ কোর্স পরিচালিত হয়। কোর্স শেষে সনদ প্রদান ও খেদমতের সু-ব্যবস্থায় সহযোগীতা করা হয়।
(খ) অমুসলিমদেরকে সুমহান ইসলামের পথে আনার লক্ষ্যে নিয়মিতভাবে উন্নতমানের প্রশিক্ষকের মাধ্যমে প্রশিক্ষণ প্রদান করা হয়। প্রশিক্ষণ শেষে দেশের প্রত্যন্ত অঞ্চলে দাওয়াতী কার্যক্রম পরিচালনা করা হয়।